Berdirinya SMK Syubbanul wathon tak lepas  dari inisiatif beliau KH Abdurrahman Khudori (Pengasuh pondok API Salaf Tegalrejo Magelang). Beliau bersama dengan KH. Yusuf Chudlori (Ketua Yayasan Syubbanul wathon) beranggapan bahwa perubahan dan perkembangan zaman semakin pesat dan sarat akan arus teknologi. Semua lapisan masyarakat sudah membaur dengan era digitalisasi. Untuk itu tahun 2006 timbul gagasan pendirian sebuah lembaga formal  yang diharapkan mampu mengikuti dan menjawab tantangan zaman dengan tetap berpegang teguh pada akidah ahlussunnah wal jama’ah yang sesuai syariat islam.